蛋白质组学的研究终究离不开双向电泳,无论你喜欢与否。但双向电泳中的不确定性却一直困扰着研究人员,让人颇为烦恼。通用电气医疗集团的生命科学部拥有着市场上最多的双向电泳用户,无疑也就有了最丰富的疑难排解经验。据介绍,其实绝大部分问题源自于实验结果中不可控的系统误差。怎么办?可不能让这些系统误差扼杀了我们的研究成果。
为了解决这些问题,通用电气医疗集团生命科学部推出了一系列用于改进和简化整个双向电泳工作流程的新产品,其中包括了从样品制备,到双向电泳本身,再到结果分析,尤其强化了蛋白表达研究的定量。这些简单易用的产品极大地改善了双向电泳实验的数据质量,同时缩减了在蛋白表达分析方面的费用支出并节省了大量时间----采用2-D DIGE至少可以节省3倍的费用和6倍的时间!
在样品制备方面,一系列样品制备试剂盒已正式推出。可别小看了样品制备,要想在双向电泳中获得高质量的结果,细胞裂解和蛋白抽提那可是关键。新上市的2D蛋白抽提体验试剂盒含6种不同配方,便于用户筛选最合适的样品抽提缓冲液。这6种蛋白抽提缓冲液皆源自对可靠而有效的蛋白抽提缓冲液的升级改良,以求进一步提高2D凝胶分析中的点分辨率。而哺乳动物细胞蛋白抽提液采用温和的去垢剂,可以用于贴壁细胞和悬浮细胞的蛋白抽提;酵母蛋白抽提试剂盒无需玻璃珠,采用酶法温和抽提酵母细胞可溶性蛋白,抽提的蛋白可保持生物活性。
在双向电泳方面,新品辈出啊。首先是IPG胶条改良了,稳定性、重复性和蛋白点清晰度更佳。IPG缓冲液的配方同时也改进了。另外,还要欢迎Ettan 2D系统中的两个新成员:IPGbox™ 和IPGbox Kit。IPGbox的设计经过改进,底座和上盖可以分离,更加友好和稳定,且不透明的盖子让水化在暗处进行,完全适合光敏感的CyDye DIGE荧光染料。上盖和插片的设计可保证胶条在水化过程中不会变干,无需再用覆盖油,你再也不用为油而烦恼了。同时一次性使用的水化盘和插片,也保证样品之间没有交叉污染。水化盘经过重新设计后,高疏水性材料保证溶涨液不会粘附在盘上,且水化液均匀分布在整个盘内,确保IPG胶条水化的一致性。
为了进一步简化DIGE实验流程,减少系统误差,提高定量准确性,通用电气医疗集团生命科学部还推出了DIGE预制胶及DIGE胶电泳缓冲液。DIGE预制胶为12.5%胶浓度的低荧光凝胶,灌制在低荧光玻璃板中间,厚度为1mm,面积为25×20cm。DIGE预制胶采用PPA缓冲体系。配合相应电泳缓冲液,DIGE预制胶可以为用户呈献高分辨率、高重复性的结果。此外,CyDye DIGE荧光染料也换了新包装,分别用于饱和标记和最小标记,更加适合实验设计。
实验是前提,后面的数据分析则更为关键。最新版的DeCyder 2D软件是Ettan DIGE平台中的核心部分,DIGE独特的内标和实验设计均精巧地体现其中,使得DIGE技术能够为用户检测到微小的差异表达信息并得到准确的定量结果。其自动化的软件设计,极大地减少了用户手工操作的时间,保证了不同用户、实验室之间结果的重复性和可比性。而胶内采用共找点的检测方式,极大地提高了结果的准确率,避免了错误匹配。DeCyder软件仍然采用Oracle作为数据库基础,保证数据交换的顺畅和数据的安全。同时有了较大程度的改进,界面更加友好,安装更加简单;软件中增加了图像编辑的功能;胶间匹配时增加了“warping”功能,进一步提高了匹配的准确性;增加了更多手工编辑的功能;最值得提及的是,在新版DeCyder软件中,EDA模块作为标准配置添加在DeCyder 2D中,无需额外负担任何费用,即可完成多因素的统计分析,寻找分子标志物!
对于流程复杂、对技术要求高的蛋白质组研究而言,通用电气医疗集团所提供的整体解决方案能让工作事半功倍。你无需考虑产品的兼容问题,更专注于实验和结果分析本身。而这些新产品在最大限度地减少系统误差的同时,也将为你带来革命性的双向电泳新体验。
有了这么多利器在手,你再何惧双向电泳?