1、   双向凝胶电泳是将不同种类的蛋白质按照等电点和分子量差异进行高分辨率分离的分析方法。成功的二维电泳可以将2000到3000种蛋白质进行分离，是目前唯一的同时能分离成百上千种蛋白质的工具。通过对蛋白质双向电泳的图谱扫描，用相关软件（ImageMaster等）进行图谱差异分析，找到差异点。然后把差异点切出，进行脱色、酶解。最后样品进入质谱测试，得到质谱原始数据文件，通过搜库可得到差异蛋白质的详细信息。

2、   ABI 4800 串联质谱（MALDI-TOF-TOF-MS）是目前对SDS-PAGE胶上的蛋白条带和2D胶上差异点蛋白，切取并经过酶解后进行鉴定最常用的质谱，它在肽指纹图谱(一级质谱)的基础上选择强度最大的10个峰进行进行二级质谱，对肽段碎片的分子量精确测定，再将一级和二级质谱数据整合并使用GPS 3.6（Applied  Biosystems）和Mascot2.1(Matrix Science)对质谱数据进行分析和蛋白鉴定。其提供的专一性信息丰富，对于数据库的检索，特别是对数据量丰富、冗余信息多的数据库的检索，其鉴定结果比肽指纹图谱可靠的多，该ABI 4800也可以不经过酶解直接对蛋白进行分子量精确测定。